Créée en 1928, à l'occasion du Centenaire de la naissance de Marcelin Berthelot, à l'initiative des Sociétés Savantes -Société Chimique de France (devenue depuis Société Française de Chimie) et Société de Chimie Industrielle et du Syndicat des Produits Chimiques, précurseur de l'actuelle Union des Industries Chimiques, la Fondation de la Maison de la Chimie a eu pour premier objectif l'édification et l'entretien d'un centre de réunion et de travail destiné à promouvoir le rayonnement de la science chimique et organisé pour le service des chimistes du monde entier.

Dès ses origines, la Fondation s'est donné une vocation internationale. La souscription qui a permis de construire les deux ailes modernes qui, rue Saint-Dominique, ont été ajoutées au milieu des années 30 à l'Hôtel de La Rochefoucauld d'Estissac, a réuni des fonds en provenance d'une soixantaine de pays représentant les cinq continents. Dans les Statuts de la Fondation, la présence d'au moins huit Membres étrangers est imposée au sein du Conseil d'Administration. La Maison de la Chimie est également devenue dès son ouverture le Siège de l'IUPAC (Union Internationale de Chimie Pure et Appliquée) conformément au vœu de ses fondateurs.

Les péripéties liées à la Seconde Guerre Mondiale et à ses suites, les difficultés financières de la Fondation à laquelle ses initiateurs avaient fixé des objectifs ambitieux mais dont les ressources restaient précaires, le départ de l'IUPAC et de la Société Chimique de France, la vente de la bibliothèque, l'une des plus riches du monde dans le domaine de la chimie et aujourd'hui devenue la propriété de l'Université d'Orsay, toutes ces évolutions ont quelque peu estompé dans les années 60 l'œuvre entreprise par la Fondation pour rapprocher les chimistes de France et du monde entier, aider à la coordination de leurs recherches et mettre les progrès réalisés par la chimie au service de l'humanité.
Malgré ces turbulences, les Administrateurs qui se sont succédé à la tête de l'institution se sont malgré tout efforcés de rester fidèles aux orientations générales fixées par les fondateurs et de maintenir la Maison de la Chimie dans son rôle prioritaire d'accueil et de services pour les chimistes.